Roteiros práticos
Um roteiro executado por aula, e os walkthroughs da edição de 2020
Os roteiros das aulas
Cada aula tem um roteiro novo, alinhado aos slides e ao desafio. Os roteiros rodam de verdade: os resultados e as figuras da página saíram do código mostrado. Copie os blocos para um script e rode em ordem numa sessão limpa do R; quando o roteiro usa arquivos, eles estão em Dados utilizados, na página da aula.
| Aula | Roteiro | O que se faz | Pacotes além de ape e phytools |
|---|---|---|---|
| 1 | A árvore e os dados | o objeto phylo; Newick passo a passo; Nexus; enraizamento e politomias; casar árvore e tabela; dois atributos independentes que parecem associados; bootstrap; forma da árvore; árvores da Open Tree |
geiger, rotl |
| 2 | O BM e a matriz C | BM no tempo e na árvore; distância patrística e C; a covariância das réplicas é σ²C; contrastes passo a passo e a regressão dos contrastes | — |
| 3 | Sinal filogenético | K e λ; atributos de referência; I de Moran e C de Abouheif; Mantel; PVR; o D de Fritz & Purvis | geiger, adephylo, phylobase, caper |
| 4 | Modelos contínuos | a verossimilhança do BM à mão; OU, EB e tendência; comparação por AICc; adequação; taxas por regime; OU com vários ótimos | geiger, mvMORPH |
| 5 | PGLS | o GLS à mão; PGLS; R²; diagnóstico; ANOVA e ANCOVA filogenéticas; GLM filogenético; evol.vcv; incerteza filogenética |
nlme, phylolm, rr2, geomorph |
| 6 | Atributos discretos | P(t) = eQt; ER e ARD nos Squamata; simulação do Mk; multiestado; taxas ocultas; Pagel × fitCorrelationTest; limiar |
geiger, corHMM |
| 7 | Estados ancestrais | parcimônia × ML; o nó 13 e o re-enraizamento; incerteza; contMap e fenograma; tendência com fósseis; marginal × conjunta; mapeamento estocástico; filomorfoespaço |
— |
| 8 | Multivariados | Procrustes à mão e GPA; morfoespaço; K e PGLS multivariados; PCA filogenética; mvgls; uma matriz de taxas por regime; modularidade e integração |
geomorph, mvMORPH |
Os pacotes estão na lista do Comece aqui, menos rotl, adephylo e phylobase, usados só nos roteiros 1 e 3 (install.packages(c("rotl", "adephylo", "phylobase"))).
Os walkthroughs de 2020
Os walkthroughs da edição de 2020 continuam disponíveis, com o script .R original e os dados. Foram redistribuídos pelas oito aulas novas: cada um fica na página da aula em que está a maior parte do seu conteúdo, e as outras aulas apontam para as seções que lhes cabem. Os comandos não rodam nessas páginas: copie e cole no seu R.
| Roteiro | Seções | Aulas |
|---|---|---|
R, árvores e phyndr |
R básico; Newick e Nexus; efeito da correlação filogenética; phyndr |
1, 2 |
| BM, modelos, Mk e PGLS | BM simulado; OU e tendência; comparação e adequação de modelos; Mk nos Squamata; PGLS; ANOVA filogenética | 2, 4, 6, 5 |
| Estados ancestrais e sinal | estados ancestrais contínuos e discretos; mapeamento estocástico; K, λ, D de Fritz, PVR, Moran, Mantel | 7, 3 |
| Distograma filogenético | distograma e correlograma | 3 |
| Decomposição da diversidade | decomposição pelos nós (Pavoine) | 3 |
| OU multi-regime, Pagel e limiar | SURFACE (fora do curso); bayou; evol.vcv; teste de Pagel; modelo de limiar |
4, 5, 6 |
| Gráficos, PVR e PCA filogenética | gráficos do phytools e do phylosignal; PCA filogenética; PVR |
7, 3, 8 |
O código das figuras dos slides está na pasta R/ do repositório, com sementes fixas.
Desafios
Cada aula tem um desafio de código, para resolver individualmente depois do roteiro. As dicas, na página da aula, apontam as seções do roteiro que ajudam:
- A árvore não bate com os dados (
geospiza) - A matriz C à mão (árvore-guia)
- Quanto sinal há em cada atributo? (Anolis)
- Que modelo para a massa corporal? (mamíferos)
- OLS, PIC e PGLS (Anolis)
- Correlação ou pseudorreplicação? (dados da prática)
- O ancestral dos Centrarchidae (
sunfish) - Uma matriz de taxas ou várias? (Anolis)