Glossário

Os termos técnicos do curso, com a aula em que aparecem

Termos técnicos em inglês ficam em itálico quando não há tradução de uso corrente. O número entre parênteses é a aula.

A árvore e os dados

Cladograma, filograma, cronograma (1)

Desenhos da mesma árvore em que os comprimentos de ramo não têm significado, representam divergência ou representam tempo.

Árvore ultramétrica (1)

Árvore em que todas as pontas estão à mesma distância da raiz; um cronograma de espécies atuais é ultramétrico.

Politomia (1)

Nó com mais de dois descendentes; soft quando os dados não resolvem a ordem das divergências, hard quando a divergência foi de fato simultânea.

Newick, Nexus (1)

Formatos de texto para árvores. O Newick guarda só a árvore e os comprimentos; o Nexus é organizado em blocos e guarda também dados.

Déficit Darwiniano, déficit Raunkiaeriano (1)

Falta de conhecimento sobre as relações entre as espécies e sobre os seus atributos, respectivamente.

Índice de Colless, γ de Pybus (1)

Medidas da forma da árvore: a simetria (Colless) e a concentração dos nós perto da raiz (γ < 0) ou das pontas (γ > 0).

Base dos métodos

Movimento browniano (BM) (2)

Modelo em que o atributo muda ao acaso, com variância σ²t proporcional ao tempo e sem tendência; o modelo nulo da maioria dos métodos.

Matriz de covariância filogenética (C) (2)

Matriz cujos elementos são o tempo compartilhado por cada par de espécies desde a raiz; sob BM, a covariância esperada entre as espécies é σ²C.

Contrastes independentes (PIC) (2)

Diferenças padronizadas entre espécies ou nós irmãos, independentes entre si sob BM (Felsenstein 1985).

Árvore-guia (2)

A árvore de 7 espécies de Freckleton et al. (2002) usada nos exemplos passo a passo do curso.

Há sinal?

Sinal filogenético (3)

Tendência de espécies aparentadas serem mais parecidas do que espécies tiradas ao acaso da árvore. É um padrão, não um processo.

K de Blomberg (3, 8)

Razão entre a semelhança observada entre parentes e a esperada sob BM; K = 1 sob BM. O K_mult é a versão para dados de alta dimensão (8).

λ de Pagel (3, 4)

Multiplicador das covariâncias de C: λ = 0 é a árvore em estrela; λ = 1, o BM.

PVR (3)

Regressão de um atributo contra os autovetores da matriz de distâncias filogenéticas, que separa um componente filogenético de um específico.

D de Fritz & Purvis (3)

Medida de sinal para atributos binários: 0 se o atributo evoluir como um BM com limiar, 1 se o atributo estiver distribuído ao acaso na árvore.

Estão associados?

PGLS (4)

Regressão por mínimos quadrados generalizados com a covariância dos resíduos dada por σ²C (ou por uma transformação dela, como λ).

GLM filogenético (4)

Regressão logística ou de Poisson que considera a filogenia (phylolm::phyloglm, com os métodos logísticos ou poisson_GEE).

Teste de Pagel (6)

Comparação entre um modelo em que dois caracteres binários evoluem de forma independente e outro em que as taxas de um dependem do estado do outro.

Pseudorreplicação filogenética (6)

Quando uma única mudança evolutiva, herdada por muitas espécies, é contada como várias observações independentes.

Como evolui?

Ornstein-Uhlenbeck (OU) (5)

Movimento browniano com uma atração, de força α, para um ótimo θ.

Meia-vida filogenética (5)

ln 2/α: o tempo para o atributo percorrer metade da distância até o ótimo. Lida em relação à altura da árvore.

Early burst (EB), ACDC (5)

Modelo em que a taxa de evolução cai (EB, o caso desacelerado do ACDC de Blomberg et al. 2003) ou sobe com o tempo.

Tendência (5)

BM com um deslocamento médio μ por unidade de tempo; só identificável com fósseis.

AICc, pesos de Akaike (5)

Critério para comparar modelos com números diferentes de parâmetros, corrigido para amostras pequenas, e o suporte relativo de cada modelo.

Modelo Mk (6)

Modelo de Markov para k estados discretos, descrito por uma matriz Q de taxas instantâneas; as probabilidades ao longo de um ramo são P(t) = e^Qt.

ER, SYM, ARD (6)

Restrições sobre Q: todas as taxas iguais, taxas simétricas entre pares de estados, todas as taxas diferentes.

Taxas ocultas (6)

Categorias de taxa não observadas, que permitem que a velocidade de mudança varie ao longo da árvore (corHMM).

Modelo de limiar (6)

Um estado discreto determinado por um atributo contínuo não observado (a liability) que cruza um limiar.

Matriz de taxas evolutivas (8)

Versão multivariada de σ²: variâncias e covariâncias evolutivas entre vários atributos.

Verossimilhança penalizada (8)

Ajuste de modelos multivariados quando há mais variáveis do que espécies (mvMORPH::mvgls), comparados pelo GIC.

Como era o ancestral?

Parcimônia de mudança quadrada (7)

Estimativa dos estados ancestrais que minimiza a soma dos quadrados das mudanças; ponderada pelos comprimentos de ramo, coincide com a máxima verossimilhança sob BM.

Estimativa marginal × conjunta (7)

A marginal dá a probabilidade de cada estado em cada nó, integrando sobre os demais; a conjunta busca o conjunto de estados mais verossímil em todos os nós ao mesmo tempo.

Mapeamento estocástico (7)

Simulação de histórias completas do caráter na árvore (estados e mudanças ao longo dos ramos), usada para contar mudanças.

Filomorfoespaço (7, 8)

A árvore projetada no espaço de dois atributos (ou eixos), com os nós nas estimativas dos estados ancestrais.

Atributos multivariados

Superposição de Procrustes (GPA) (8)

Remove das coordenadas dos marcos as diferenças de posição, escala e rotação; o que sobra é forma.

Tamanho do centroide (8)

Raiz da soma dos quadrados das distâncias dos marcos ao seu centroide; a medida de tamanho da morfometria geométrica.

Modularidade, integração (8)

Integração é a covariação entre partes do fenótipo; módulos são conjuntos de atributos integrados entre si e relativamente independentes dos outros.

PCA filogenética (8)

PCA que estima as covariâncias evolutivas entre os atributos usando a matriz C (Revell 2009).