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O que ler, instalar e saber antes da primeira aula

Antes da disciplina

A disciplina é condensada em uma semana, com uma aula por período. Por isso, três coisas precisam estar feitas antes da segunda-feira de manhã:

  1. ler os três artigos das leituras prévias;
  2. instalar o R, o RStudio (ou outro editor), o Quarto e os pacotes;
  3. ter o básico de R: ler uma tabela, criar e indexar objetos, chamar funções. Se estiver inseguro, comece por R para Ciência de Dados.

Também ajuda saber o básico de inferência filogenética: a árvore vem de algum lugar, e a Aula 1 retoma de onde.

Leituras prévias

A Aula 1 supõe que estes três artigos foram lidos. Ela abre com uma pergunta sobre cada um.

  1. Cornwallis & Griffin (2024). A guided tour of phylogenetic comparative methods for studying trait evolution. Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics 55: 181–204. Pergunta: por que espécies não são pontos independentes numa análise?
  2. O’Meara (2012). Evolutionary inferences from phylogenies: a review of methods. Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics 43: 267–285. Pergunta: que tipos de pergunta os métodos comparativos respondem?
  3. Rezende & Diniz-Filho (2012). Phylogenetic analyses: comparing species to infer adaptations and physiological mechanisms. Comprehensive Physiology 2: 639–674. Pergunta: como os métodos ajudam a inferir adaptação e mecanismo?

Pacotes

Os slides e os desafios usam estes pacotes, todos no CRAN:

install.packages(c("ape", "phytools", "geiger", "nlme", "caper", "phylolm",
                   "mvMORPH", "corHMM", "geomorph", "rr2", "tidyverse"))

Os roteiros da edição de 2020 usam também alguns pacotes que não estão nesta lista (por exemplo, phylosignal e bayou); cada roteiro diz quais são.

Cronograma

Proposta para a semana intensiva: oito aulas em dez períodos, com dois períodos livres para prática, dúvidas e projetos.

Dia Manhã Tarde
Segunda Aula 1 · A árvore e os dados Aula 2 · O BM e a matriz C
Terça Aula 3 · Sinal filogenético Aula 4 · Modelos contínuos
Quarta Aula 5 · PGLS prática livre e dúvidas
Quinta Aula 6 · Atributos discretos Aula 7 · Estados ancestrais
Sexta Aula 8 · Multivariados projetos dos alunos

Cada período tem teoria (os slides) e prática (o roteiro e o começo do desafio). As datas e os horários de cada oferta são divulgados pelo programa de pós-graduação.

Como usar os materiais

  • Slides: abrem no navegador. Tecle F para tela cheia, Esc para ver todos os slides de uma vez e use as setas para navegar. Toda aula abre e fecha com o mapa dos métodos.
  • Roteiros práticos: um por aula, executado (os resultados da página saíram do código mostrado); copie os blocos para o seu R. Os walkthroughs de 2020 continuam disponíveis. Ver Roteiros práticos.
  • Desafios: um por aula, resolvido individualmente, com código. As respostas comentadas são publicadas depois do prazo.
  • Avaliação: um documento em Quarto (ver o Programa).
  • Glossário: os termos técnicos em um lugar só (Glossário).

Contato

Prof. Diogo B. Provete — diogo.provete@ufms.br · Biodiversity Synthesis Lab