Aula 08 — Reprodutibilidade com Markdown e Quarto
Documentos dinâmicos como prática-padrão em pesquisa: análise + texto + gráficos em um único arquivo.
R Markdown, knitr e Quarto. Saídas em HTML, PDF, Word, slides.
Documentos dinâmicos como prática-padrão em pesquisa: análise + texto + gráficos em um único arquivo. R Markdown, knitr e Quarto. Saídas em HTML, PDF, Word, slides.
Slides
Quer em PDF? Abra os slides, acrescente ?print-pdf ao endereço e imprima pelo navegador escolhendo “Salvar como PDF”.
Código R (aula prática)
- baixar
aula-08.R
Caminhos comhere, ambiente limpo, números no meio do texto, tabelas comknitr::kable, opções de bloco e referências cruzadas. - baixar
relatorio-modelo.qmd·referencias.bib
O esqueleto do trabalho final. Um documento que compila do zero, com o fluxo completo: leitura do dado bruto, limpeza, exploração, modelo, diagnóstico e discussão. Nenhum número dele foi digitado à mão.
Dados utilizados
O relatorio-modelo.qmd parte do dado bruto, de propósito: um relatório reprodutível refaz a limpeza, ele não pressupõe um arquivo já limpo que alguém produziu em outro lugar.
Para o exercício 2
A planilha que circulou entre os autores antes da publicação. O exercício é descobrir, com código, o que mudou dali até o arquivo publicado — e há mais do que as oito linhas de diferença sugerem. Nenhum script da disciplina lê este arquivo.
Recursos externos
- Vídeo da aula — reprodutibilidade em pesquisa
- Vídeo da aula prática — R Markdown
- Quadro resumo Markdown (cheatsheet)
- Quadro resumo R Markdown (cheatsheet)
- British Ecological Society — Guide to Reproducible Code
- Reproducible analysis in R — curso completo
- Coursera — Reproducible Research
- Xie, Allaire & Grolemund — R Markdown: The Definitive Guide
- Tutorial — criando documento com Quarto
Volta para o índice do curso.