E2 — O modelo linear como arcabouço unificador
lm(). Matriz de delineamento explicitada. Dummy e effect coding, contr.treatment e contr.sum. Interpretação de coeficientes.
O encontro que reorganiza o que você já sabe. Teste t, correlação e regressão deixam de ser três procedimentos e passam a ser um modelo só, com matrizes de delineamento diferentes.
Slides
Conteúdo
- Anatomia de um modelo linear — \(y = X\beta + \varepsilon\), o que cada peça significa e onde entra a premissa de normalidade (no resíduo, não nos dados).
- Teste t é
lm(y ~ grupo)— a matriz de delineamento 0/1 escrita à mão, ao lado da saída det.test(). Mesmos números. - Correlação e regressão — o que muda e o que não muda; Pearson versus Spearman.
- Codificação de fatores —
contr.treatment(padrão do R) econtr.sum; por que o intercepto significa coisas diferentes em cada um, e por que isso derruba interpretações. - Interpretação de coeficientes — na escala da resposta, com unidade, e o que muda quando a preditora é centrada ou padronizada: a centragem move o intercepto, a padronização troca a unidade da inclinação para “por desvio-padrão”. É o que permite comparar preditoras medidas em escalas diferentes — e o que explica o
scale()que reaparece nos Encontros 5 e 8. - Colinearidade — VIF, e por que ela não é um problema de “violação de premissa”, mas de identificabilidade.
Prática
Exercícios com palmerpenguins e com os dados de diagnóstico. Quem trouxe dados próprios já ajusta o primeiro lm() neles.
O mesmo roteiro rodado nos dados do curso, com um take-home por item: exercicios/e02.R.
Exercícios extras no swirl
Opcionais, em português, rodando no console com correção automática. São do curso Regression Models da Johns Hopkins, que traduzimos; a instalação está em Instalação › swirl.
As quatro primeiras lições são este encontro, do começo ao fim:
- Introdução — regressão à média nos dados de Galton.
- Resíduos — por que os resíduos somam zero, e por que isso não é um achado empírico, mas consequência de como a reta foi escolhida.
- Estimação por Mínimos Quadrados — a inclinação como a correlação vezes a razão dos desvios-padrão.
- Variação Residual — \(\sigma\), os \(n-2\) graus de liberdade e a decomposição da variação total.
Mais duas, para o fim da aula:
- Resíduos, Diagnóstico e Variação — alavancagem, influência e
dfbetas; vai um pouco além do que vemos em sala. - Fatores de Inflação da Variância — o bloco 6 por simulação: dá para ver a variância inflando conforme as preditoras se correlacionam.
Leituras
Obrigatória
- Quinn, G.P. & Keough, M.J. 2023. Introduction to Linear Models. Cap. 4 de Experimental Design and Data Analysis for Biologists, 2ª ed., p. 45–61. Cambridge University Press. — a leitura que mais se aproxima deste encontro, e em 17 páginas. O Quadro 4.1 separa os dois sentidos de “linear” — linear na forma e linear nos parâmetros —, que é a confusão desfeita no bloco 1. O Quadro 4.2 e a Tabela 4.1 põem lado a lado, para cada distribuição, o parâmetro canônico, a função de variância e a ligação canônica: é a tabela do Encontro 4, já pronta. A seção 4.3 monta o modelo com os três componentes (aleatório, sistemático e ligação). A 4.6.1 escreve as premissas do OLS na forma \(\varepsilon \sim \text{i.i.d.}\,N(0, \sigma^2)\) — a matriz que desenhamos no quadro. E os Key Points da 4.8 abrem com a tese da semana inteira: as “técnicas” de nome próprio são melhor entendidas como variantes de um mesmo tema.
- Gelman, A.; Hill, J. & Vehtari, A. 2020. Regression and Other Stories. Cambridge University Press. — código e exemplos no site. Para este encontro, quatro trechos, não o livro inteiro: cap. 6 (Background on regression modeling, p. 81), e nele a seção 6.3, “Interpret coefficients as comparisons, not effects”, que é o slide “Comparação, não efeito” na origem; cap. 7 (Linear regression with a single predictor, p. 93), com a 7.2 sobre checar o próprio procedimento de ajuste com dados simulados; a seção 5.5, “Fake-data simulation as a way of life” (p. 69), que é o bloco 2 da aula inteiro; e o cap. 11 (Assumptions, diagnostics, and model evaluation, p. 153), onde a 11.1 lista as seis premissas em ordem decrescente de importância — validade, representatividade, aditividade e linearidade, independência dos erros, variância igual, normalidade —, a 11.3 traz os gráficos de resíduo e a 11.6 o \(\sigma\) com o \(R^2\). As duas primeiras não são sobre resíduo, e é por isso que elas abrem o bloco de premissas na aula.
Complementar
- Quinn, G.P. & Keough, M.J. 2023. Simple Linear Models with One Predictor. Cap. 6 de Experimental Design and Data Analysis for Biologists, 2ª ed., p. 76–114. Cambridge University Press. — a continuação natural do cap. 4, e a parte prática deste encontro: a seção 6.2 mostra que um preditor categórico é o mesmo modelo, a 6.4 lista as premissas uma a uma e a 6.5 é o diagnóstico completo (resíduos, alavancagem, medidas de influência, os gráficos).
- Agresti, A. 2015. Foundations of Linear and Generalized Linear Models. Wiley.
- Gelman, A. 2008. Scaling regression inputs by dividing by two standard deviations. Statistics in Medicine 27:2865–2873. — por que dividir por dois desvios-padrão, e não um, quando o modelo mistura preditoras contínuas e binárias. É o argumento por trás do
two_sd = TRUEdostandardize_parameters(). - Horst, A.M.; Hill, A.P. & Gorman, K.B. 2020.
palmerpenguins: Palmer Archipelago (Antarctica) penguin data. — o conjunto usado nos exemplos do encontro. - Lindeløv, J.K. Common statistical tests are linear models.
- Gelman, A. et al. 2026. Bayesian Workflow. Chapman & Hall/CRC. Cap. 6, “Using simulations to capture uncertainty”.
Sobre checar premissas
O bloco 1 afirma que a premissa de normalidade está no resíduo, e não nos dados. Estes dois artigos sustentam isso — e, principalmente, sustentam por que não se decide sobre premissa com valor de p. São argumentos diferentes, não duas versões do mesmo:
- Kozak, M. & Piepho, H.-P. 2018. What’s normal anyway? Residual plots are more telling than significance tests when checking ANOVA assumptions. Journal of Agronomy and Crop Science 204:86–98. — as duas perguntas, uma de cada vez: checar no dado bruto ou no resíduo? por teste ou por gráfico? Responde a primeira a favor do resíduo e a segunda a favor do gráfico, com dois exemplos trabalhados.
- Shatz, I. 2024. Assumption-checking rather than (just) testing: the importance of visualization and effect size in statistical diagnostics. Behavior Research Methods 56:826–845. Acesso aberto (CC BY 4.0). Consolida por simulação o que dá errado no teste: falso positivo com \(n\) grande, falso negativo com \(n\) pequeno, falsa binariedade, o p lido como se fosse tamanho de efeito, e o próprio teste de premissa com premissas que ninguém checou. Cita o Shapiro–Wilk pelo nome.
Ao vivo: o teste de normalidade rodando no navegador — a simulação do Shatz em três blocos editáveis, sem instalar nada. Dez minutos, e o argumento fica visível em vez de citado.
Recursos externos
- Análises Ecológicas no R — cap. 7
- Vídeo: modelos lineares — canal @DiogoBProvete
Volta para o índice do curso.