Aula 07 — Métodos multidimensionais baseados em modelos

Aula extra (avançada). Alternativa paramétrica aos métodos baseados em distância: por que modelar explicitamente a relação média-variância da abundância. Agrupamento (SAMs/ecoMix), ordenação (gllvm, boral, CQO, ecoCopula), inferência (mvabund) e modelos conjuntos de distribuição de espécies (JSDM/HMSC).

Aula extra (avançada) · Curso: Análises Multidimensionais (PPG em Biologia Animal, UFMS)

Alternativa paramétrica aos métodos baseados em distância: por que modelar explicitamente a relação média-variância da abundância. Agrupamento (SAMs/ecoMix), ordenação (gllvm, boral, CQO, ecoCopula), inferência (mvabund) e modelos conjuntos de distribuição de espécies (JSDM/HMSC).

Aula extra de caráter teórico, voltada a métodos mais avançados. Não possui roteiro prático em R associado — os pacotes citados nos slides servem como ponto de partida para estudo individual.

Slides

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Tópicos abordados

Motivação: limitações dos métodos baseados em distância (algoritmos) — relação média-variância da abundância, confusão entre posição e dispersão multivariada.
O que são métodos baseados em modelos: métodos paramétricos (GLMs e variáveis latentes) que capturam propriedades-chave de dados multivariados, com diagnose, seleção de modelos e inferência (AIC/BIC).
Agrupamento: Species Archetype Models (SAMs), pacote ecoMix.
Ordenação: gllvm (modelos lineares generalizados de variável latente), boral (ordenação Bayesiana via MCMC), Constrained Quadratic Ordination (CQO, pacote reo) e ecoCopula.
Inferência: mvabund (manyglm/manyany) com reamostragem de resíduos (PIT residuals).
Modelos conjuntos de distribuição de espécies (JSDM): HMSC, s-jSDM — partição da variância e co-distribuição derivada da covariância dos resíduos.

Pacotes em R

ecoMix · gllvm · boral · reo · ecoCopula · mvabund · Hmsc · sjSDM

Leituras recomendadas

Bibliografia listada nos slides.

Recursos externos

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