Aula 03 — Agrupamento: cluster hierárquico, k-means e IndVal

Métodos hierárquicos (UPGMA, single-linkage, complete-linkage, Ward) versus não-hierárquicos (k-means). Análise de espécies indicadoras (IndVal). Estabilidade de cluster via bootstrap (pvclust).

Aula 3 · Curso: Análises Multidimensionais (PPG em Biologia Animal, UFMS)

Métodos hierárquicos (UPGMA, single-linkage, complete-linkage, Ward) versus não-hierárquicos (k-means). Análise de espécies indicadoras (IndVal). Estabilidade de cluster via bootstrap (pvclust).

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Código R (aula prática)

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  Roteiro principal — cluster hierárquico, k-means, IndVal (versão sem respostas, para o aluno completar).
  baixar aula-1-cluster-kmeans-indval-sem-resposta.R
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  Demonstração de bootstrap de cluster com o pacote pvclust.
  baixar exemplo-com-pvclust.R
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  Exercício adicional sobre IndVal.
  baixar exercicio-indval-sem-resposta.R

Dados utilizados

• DoubsEnv.csv
• DoubsSpe.csv
• ambiente.txt
• bocaina.txt

Leituras recomendadas

Bibliografia listada nos slides.

Recursos externos

• Entendendo o algoritmo do k-means (vídeo)
• Clustering and Classification (curso online)

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