Aula 04 — Correlação de atributos e modelo Ornstein-Uhlenbeck multi-regime

Correlação evolutiva entre atributos contínuos. Modelos OU com múltiplos regimes seletivos (OUwie). Teste de Pagel (fitPagel) para correlação entre caracteres binários.

Quinta-feira · Curso: Evolução fenotípica e métodos filogenéticos comparativos (PPGEC/UFMS)

Correlação evolutiva entre atributos contínuos. Modelos OU com múltiplos regimes seletivos (OUwie). Teste de Pagel (fitPagel) para correlação entre caracteres binários.

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Dados utilizados

• Centrarchidae.csv
• Centrarchidae.tre
• filogenia_gabi.txt
• filogenia_quinta.txt
• fitPagel-challenge.csv
• fitPagel-challenge.tre
• fitPagel-data.csv
• fitPagel-tree.tre
• testes_matrix_r.txt
• uca_matrix.txt

Leituras recomendadas

• Butler, M.A. & King, A.A. 2004. Phylogenetic comparative analysis: a modeling approach for adaptive evolution. American Naturalist 164:683–695.
• Hansen, T.F. 1997. Stabilizing selection and the comparative analysis of adaptation. Evolution 51:1341–1351.
• Beaulieu, J.M. et al. 2012. Modeling stabilizing selection: expanding the Ornstein–Uhlenbeck model of adaptive evolution. Evolution.
• Cooper, N. et al. 2016. A cautionary note on the use of Ornstein Uhlenbeck models in macroevolutionary studies. Biol J Linn Soc.

Recursos externos

• Vídeo — Anolis e radiação adaptativa (Jonathan Losos)
• Cadeias de Markov — introdução interativa (Setosa.io)
• Palestra — Models of pulsed evolution (Michael Landis)

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