Aula 03 — Estimativa de estado ancestral e sinal filogenético

Reconstrução de estados ancestrais para atributos discretos (modelos ER, SYM, ARD) e contínuos (Brownian, OU). Medidas de sinal filogenético: λ de Pagel e K de Blomberg.

Quarta-feira · Curso: Evolução fenotípica e métodos filogenéticos comparativos (PPGEC/UFMS)

Reconstrução de estados ancestrais para atributos discretos (modelos ER, SYM, ARD) e contínuos (Brownian, OU). Medidas de sinal filogenético: λ de Pagel e K de Blomberg.

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Dados utilizados

• Anolis.tre
• anguila.nex
• arvore.txt
• canto.csv
• elopomorph.csv
• elopomorph.tre
• filogenia_bocaina.txt
• svl.csv
• testes_matrix_r.txt
• traits selecionados.txt

Leituras recomendadas

• Pagel, M. 1999. Inferring the historical patterns of biological evolution. Nature 401:877–884.
• Blomberg, S.P.; Garland, T.; Ives, A.R. 2003. Testing for phylogenetic signal in comparative data: behavioral traits are more labile. Evolution.
• Münkemüller, T. et al. 2012. How to measure and test phylogenetic signal. Methods Ecol Evol.
• Revell, L.J.; Harmon, L.J.; Collar, D.C. 2008. Phylogenetic signal, evolutionary process, and rate. Syst Biol.
• Diniz-Filho, J.A.F. et al. 2012. On the selection of phylogenetic eigenvectors for ecological analyses. Ecography.

Recursos externos

• Vídeo — ASR com phytools

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