E1 — EDA, reprodutibilidade e literacia em IA
Ciclo PPDAC e raciocínio estatístico. Análise exploratória segundo Zuur & Ieno (2016). Fluxo Quarto + git. Pergunta focada, PICO e pré-registro. Uso responsável de LLMs em estatística.
Antes de começar a pensar na análise: como olhar para os dados, como formular a pergunta antes de olhar, e como documentar tudo de modo que outra pessoa — inclusive você daqui a dois anos — consiga refazer.
Slides
Conteúdo
- Productive failure de abertura (20 min) — uma pergunta, um conjunto de dados, nenhuma instrução.
- O ciclo PPDAC (30 min) — Problema, Plano, Dados, Análise, Conclusão: onde cada parte do curso se encaixa.
- Os quatro princípios de Popovic et al. (2024) como moldura do curso (30 min).
- Pergunta focada, PICO e pré-registro (30 min) — HARKing, p-hacking, a distinção entre análise confirmatória e exploratória, e o custo real de mudar a hipótese depois de ver os dados.
- EDA segundo Zuur & Ieno (2016) — o protocolo em oito passos, com dados problemáticos de verdade.
- Fluxo reprodutível — projeto do RStudio,
here, Quarto, git, princípios FAIR. - Uso saudável de LLMs em estatística (60 min) — onde ajudam, onde fazem mal, como declarar.
Dados
RoadKills.txt— anfíbios atropelados em 52 segmentos de 500 m da estrada IP2, entre Portalegre e Monforte, no sul de Portugal. A estrada foi percorrida de carro a 10–20 km/h, a cada duas semanas, de março de 1995 a março de 1997, e cada carcaça foi retirada da pista para não ser contada duas vezes. As colunasXeYdão a posição de cada segmento eD.PARKa distância, ao longo da estrada, ao parque natural da Serra de São Mamede, de 250 m a 24,9 km — uma serra mais úmida que a planície em volta, e portanto um proxy de umidade. Fonte primária: Ascensão, F. & Mira, A. (2005), Spatial patterns of road kills: a case study in Southern Portugal, ICOET 2005 — On the Road to Stewardship, p. 641 (eScholarship); a reanálise conhecida está em Zuur, Mira, Carvalho, Ieno, Saveliev, Smith & Walker (2009), cap. 16 de Mixed Effects Models and Extensions in Ecology with R, p. 383–397 (doi:10.1007/978-0-387-87458-6_16). É o conjunto do productive failure que abre a aula, e volta nos Encontros 5, 6 e 9.dados_com_outliers_e_faltantes.csv— passo 1, o gráfico de Cleveland.RIKZ.txt— riqueza de macrofauna em 9 praias holandesas (Zuur et al. 2009); passo 2, heterogeneidade entre grupos. Volta nos Encontros 7 e 8.
Preparação prévia (sala de aula invertida)
- Vídeos do canal @DiogoBProvete sobre ciclo PPDAC, teste de hipótese e distribuições de probabilidade.
- Análises Ecológicas no R, caps. 4 a 6.
- Roteiro de instalação concluído, com o
brmscompilando.
Leituras
Obrigatória
- Popovic, G. et al. 2024. Four principles for improved statistical ecology. Methods in Ecology and Evolution 15:266–281.
- Zuur, A.F.; Ieno, E.N. & Elphick, C.S. 2010. A protocol for data exploration to avoid common statistical problems. Methods in Ecology and Evolution 1:3–14. — o protocolo de oito passos que estrutura a tarde de hoje.
- Zuur, A.F. & Ieno, E.N. 2016. A protocol for conducting and presenting results of regression-type analyses. Methods in Ecology and Evolution 7:636–645. — a continuação, do outro lado da análise: como conduzir e como relatar.
Complementar
- Anscombe, F.J. 1973. Graphs in statistical analysis. The American Statistician 27:17–21. — o quarteto que abre a aula.
- Drobniak, S.M. et al. 2026. AIdIT: AI disclosure for Improved Transparency. Research Integrity and Peer Review. — a declaração de uso de IA que adotamos no trabalho final.
- Cooper, N. et al. 2024. Harnessing large language models for coding, teaching and inclusion to empower research in ecology and evolution. Methods in Ecology and Evolution 15:1757–1763.
- Kay, M. et al. 2026. A century of inertia in quantitative ecology education. Methods in Ecology and Evolution.
- Wild, C.J. & Pfannkuch, M. 1999. Statistical thinking in empirical enquiry. International Statistical Review 67:223–248. — origem do ciclo PPDAC.
Recursos externos
- Análises Ecológicas no R — caps. 4 a 6
- Introdução à Linguagem R — aulas 02, 04, 05 e 08
- Quarto — documentação oficial
- Happy Git with R
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