Função auxiliar: utilitários para painéis de gráficos.

Walkthrough do código — Aula 2: Coeficientes de associação

Walkthrough do código usado em sala. Os comandos não são executados pelo renderizador — copie e cole no seu R local. Você pode baixar o script .R original e os dados em Aula 2.

# panelutils.R 
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# License: GPL-2 
# Author: Francois Gillet, 23 August 2012
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## Put Pearson, Spearman or Kendall correlations on the upper panel
panel.cor <- function(x, y, method="pearson", digits=3, cex.cor=1.2, no.col=FALSE)
{
    usr <- par("usr"); on.exit(par(usr))
    par(usr = c(0, 1, 0, 1))
    r <- cor(x, y, method=method)
    ra <- cor.test(x, y, method=method)$p.value
    txt <- round(r, digits)
    prefix <- ""
    if(ra <= 0.1) prefix <- "."
    if(ra <= 0.05) prefix <- "*"
    if(ra <= 0.01) prefix <- "**"
    if(ra <= 0.001) prefix <- "***"
    if(no.col)
    {
        color <- 1
        if(r < 0) { if(ra <= 0.001) sig <- 4 else sig <- 3 }
        else { if(ra <= 0.001) sig <- 2 else sig <- 1 }
    }
    else
    {
        sig <- 1
        if(ra <= 0.001) sig <- 2
        color <- 2
        if(r < 0) color <- 4
    }
    txt <- paste(txt, prefix, sep="\n")
    text(0.5, 0.5, txt, cex = cex.cor, font=sig, col=color)
}


## Put histograms on the diagonal
panel.hist <- function(x, no.col=FALSE, ...)
{
    usr <- par("usr"); on.exit(par(usr))
    par(usr = c(usr[1:2], 0, 1.5) )
    his <- hist(x, plot=FALSE)
    breaks <- his$breaks; nB <- length(breaks)
    y <- his$counts
    y <- y/max(y)
    if(no.col) rect(breaks[-nB], 0, breaks[-1], y, col="gray", ...)
    else rect(breaks[-nB], 0, breaks[-1], y, col="cyan", ...)
}


## Add black lowess curves to scatter plots
panel.smoothb <- function (x, y, col=par("col"), bg=NA, pch=par("pch"), 
    cex=1, col.smooth="black", span=2/3, iter=3, ...) 
{
    points(x, y, pch=pch, col=col, bg=bg, cex=cex)
    ok <- is.finite(x) & is.finite(y)
    if (any(ok)) 
    lines(stats::lowess(x[ok], y[ok], f=span, iter=iter), col=col.smooth, ...)
}


#Usage:
#pairs(num.mat, lower.panel=panel.smooth, upper.panel=panel.cor, diag.panel=panel.hist)
#pairs(num.mat, lower.panel=panel.smooth, upper.panel=panel.cor, method="kendall")